A Faculdade de Ciências foi criada em 1920 como a quinta faculdade da Universidade de Charles. Atualmente tem 29 departamentos, 3 museus e um grande Jardim Botânico, onde o Departamento de Estudo e as instalações de alguns estudantes estão localizados.

Atualmente, a faculdade é organizacional e organizacionalmente dividida em quatro seções: biológica, geográfica, geológica e química. Além dessas seções, a faculdade possui vários centros especializados de ensino e pesquisa, incluindo instituições interdisciplinares como o Instituto de Estudos Ambientais. Todas as partes da faculdade são ativas tanto no ensino como na pesquisa.

A principal missão da Faculdade de Ciências é criar especialistas altamente qualificados em biologia, química, geografia, geologia e em outros campos interdisciplinares. O seu esforço científico e de investigação visa resolver os principais problemas relacionados com o desenvolvimento da sociedade humana. Alguns dos temas prioritários de longo prazo são a saúde humana, o estudo da função e previsão do desenvolvimento dos ecossistemas e da biosfera e o desenvolvimento de materiais ecológicos baseados na utilização de recursos renováveis.

A Faculdade de Ciências oferece três níveis educacionais, bacharelado, mestrado e doutorado. Todos os programas de bacharelado e mestrado incluem ensino teórico e exercícios práticos em laboratórios, e alguns cursos combinam os estudos acadêmicos de ciências naturais com a formação de professores em um campo escolhido. Os cursos de licenciatura são apresentações para estudos mais profundos que se seguem nos programas de mestrado. Programas de mestrado formam especialistas em institutos científicos e de pesquisa, carreiras governamentais, indústria e setor privado. Os graduados dos cursos de mestrado com o elemento de formação de professores são qualificados para ensinar em escolas secundárias e escolas profissionais secundárias. Programas de estudo de doutorado treinam pessoal altamente especializado para atividades científicas e de pesquisa.