A pós-graduação em Química Bioorgânica serve para a formação de especialistas químicos com ênfase na estrutura e funções de pequenas moléculas orgânicas em organismos vivos e na possibilidade de influenciar processos biológicos nesses organismos através da ação de tais moléculas. O programa dirige-se assim ao estudo de todos os aspectos dos compostos orgânicos, indispensáveis à estrutura e funcionamento dos organismos vivos. O amplo espectro destes compostos inclui moléculas com função de construção (metabólitos primários), função de sinalização, função de ativação ou desativação em relação a proteínas estratégicas dentro dos organismos vivos, e também compostos que são produzidos por esses organismos (produtos naturais, metabólitos secundários , metabólitos de xenobióticos). O estudo baseia-se na estrutura e síntese de compostos orgânicos com foco em produtos naturais, heterociclos e outros compostos orgânicos, capazes de modular processos biológicos. A elucidação da função de tais compostos como partes de estruturas biológicas, bem como a sua influência nos processos biológicos e a possibilidade de modificar esta influência através de mudanças estruturais não são menos importantes. A Química Bioorgânica serve assim como um elo entre a Química Orgânica e as disciplinas biomédicas e se sobrepõe parcialmente à Química Farmacêutica e Medicinal. A Química Bioorgânica é, no entanto, mais geral do que os dois últimos programas, que se concentram principalmente no estudo e desenvolvimento de medicamentos, ou seja. um subgrupo mais limitado de compostos biologicamente ativos.

O estudo de PhD do campo Estudos Africanos ou Estudos Latino-Americanos tem como objetivo a preparação de especialistas qualificados em estudos de área com foco primário nessas duas regiões.

Estudo de Doutorado em Química Didática é o ponto culminante do ensino universitário de três camadas. É uma base segmentada em atividades de pesquisa focada no ensino e na química de aprendizagem, que se baseia em aprofundar o conhecimento da didática da química e da área relevante da química, pedagogia, psicologia, ciência da computação e outras disciplinas, para aprender os métodos de trabalho científico nos domínios referidos e irá contribuir significativamente para a melhoria global do trabalho de professores de química em vários níveis do sistema de ensino, especialistas na criação de currículo e de sua avaliação de acordo com os conhecimentos científicos actuais e pesquisa.

A Faculdade Filosófica da Universidade de Hradec Králové oferece um Ph.D. Grau que pode ser buscado em estudo em tempo integral. O Ph.D. programa é projetado para estudantes que obtiveram um mestrado em Filosofia e disciplinas de estudo relacionados.