O doutoramento proporciona um espaço de formação e investigação avançada de alto nível não só para os da academia, mas também para quem lida com a arquitetura no contexto da prática profissional a quem este curso apresenta a possibilidade de aprofundar conhecimentos e desenvolver competências na área da Arquitetura. A tese pode integrar o trabalho prático do projeto em arquitetura como forma de investigação avançada, como contexto de investigação científica. Pretende-se trabalhar num contexto internacional, capacitando os estudantes para trabalhar num nível académico elevado, num contexto competitivo global; Fornece conhecimentos transdisciplinares sobre questões conceptuais, formais e práticas, sobre o pensamento crítico, no planeamento e realização de obras como o contexto paisagístico, de forma abrangente, como património cultural (monumental, industrial, urbano, arquitectónico e paisagístico) de uma forma mais específica com aplicação de investigação.

O Doutoramento em Gestão da Universidade de Évora é um dos programas de doutoramento mais antigos nesta área científica em Portugal. O programa destina-se a quem pretenda prosseguir uma carreira académica ou fazer investigação quer em instituições públicas ou privadas, quer a quem pretenda prosseguir carreiras de gestão de topo. O programa proporciona uma formação sólida nos vários domínios da gestão e visa aprofundar conhecimentos e desenvolver competências de investigação em gestão.

O Doutoramento em Teoria Política, Relações Internacionais e Direitos Humanos, criado em parceria pelas Universidades de Évora e dos Açores, distingue-se pela centralidade que confere às questões de cidadania e direitos humanos, enquadradas no sistema internacional, impulsionado por tendências e forças às vezes contraditórias. Com o apoio de um corpo docente de elevada competência científica e disciplinar e ancorado na sólida experiência de investigação inserida em Centros de Investigação de Excelência, este doutoramento pretende desenvolver um conhecimento teórico profundo, que de forma versátil e transdisciplinar, impulsione o desenvolvimento de análises críticas , que representam um contributo inovador e consistente para a investigação a nível nacional e internacional.

O Programa Doutoral em Matemática apresenta formação avançada em Matemática Teórica e Aplicada, com ênfase em Álgebra e Lógica (Teoria dos Números e Criptografia), em Análise Matemática (Equações Diferenciais, Cálculo de Variações e Controlo Óptimo, Sistemas Dinâmicos e Aplicações Numéricas) e em Estatística (Estatística, Investigação Operacional e Probabilidades). Na dissertação é necessário um estudo aprofundado de uma parte da Matemática e/ou das suas aplicações, de modo a ultrapassar as fronteiras do conhecimento matemático na resolução de problemas em aberto e/ou no início de uma nova teoria.

O programa de Doutoramento em Ciências da Computação visa o desenvolvimento de competências, aptidões e métodos avançados de investigação em Informática, bem como uma especialização assente num conhecimento alargado da área da Informática. Pretende-se oferecer aprendizagem em ambiente de pesquisa, com o objetivo principal de formar pesquisadores, professores universitários e líderes em processos de inovação nas áreas fundamental e aplicada das Ciências da Computação. A formação e as competências adquiridas proporcionam aos nossos alunos maiores oportunidades profissionais e de carreira na área da investigação em instituições públicas e privadas, empresas tecnológicas e no ensino superior.

O Doutoramento em Bioquímica visa contribuir para o reforço e consolidação da investigação científica, através da formação avançada e formação especializada de recursos humanos na área da Bioquímica, de modo a formar investigadores com elevado sentido ético, rigor e integridade científica, capazes de conceber, realizar e avaliar projetos de investigação científica, de forma autónoma, nesta área científica. O objectivo da disciplina é dotar os alunos de competências que lhes permitam compreender sistematicamente temas da área científica da Bioquímica e a capacidade de realizar investigação original com elevados padrões de qualidade e integridade académicas, analisar criticamente, avaliar e sintetizar ideias novas e complexas, comunicar resultados de investigação e promover o progresso tecnológico ou social numa sociedade baseada no conhecimento.

O programa de Doutoramento em Engenharia tem como principal objetivo formar técnicos e investigadores altamente qualificados, particularmente especializados em Mecatrónica ou em Energia, capazes de realizar investigação independente ou trabalho experimental, em ambiente empresarial, bem como no contexto universitário. A oferta de um terceiro ciclo em Engenharia Mecatrónica e Energia é a sequência natural dos segundos Ciclos, nomeadamente os oferecidos pelo Mestrado em Engenharia Mecatrónica e Mestrado em Engenharia de Energia Solar University of Evora, e resulta da investigação desenvolvida no Centro de Investigação, em particular nos Centros de Investigação avaliados pela FCT University of Evora, onde os Professores do Ciclo estão integrados como investigadores, nomeadamente o ICT-Instituto de Ciências da Terra com a sua ligação à Cátedra de Energias Renováveis do University of Evora e o Laboratório Associado de Energia, Transportes e Aeronáutica. Este programa de Doutoramento proporciona áreas de especialização avançada, com um potencial interdisciplinar notável em domínios emergentes, desde a engenharia de design de produto, instrumentação, controlo automático e supervisão de processos, ao desenvolvimento de um conjunto de tecnologias aplicadas à engenharia Mecatrónica, à eficiência energética em processos, à captação de energia, à conversão e à concentração.