O objetivo do Doutorado em Ciências Naturais e Ambientais é a formação acadêmica de excelência dos graduados, com forte compromisso com a realidade regional, nacional e internacional onde estão inseridos. O Doutorado integra explicitamente os aspectos das Ciências Naturais e Ambientais e posiciona-se como uma pós-graduação integradora, principalmente das diversas disciplinas de graduação ministradas na UNJu e na região, proporcionando uma visão interdisciplinar, voltada para as demandas de uma formação acadêmica e profissional de qualidade. O programa reúne um corpo acadêmico competente, reconhecido e diversificado, e atende a alunos de doutorado de diversas formações e formações, capazes de expressar uma visão inovadora e sólida dos temas científicos tratados.