A Faculdade de Ciências Naturais procura constantemente aumentar o número e a qualidade dos seus alunos, desenvolver continuamente as áreas de estudo de forma a acompanhar as exigências da sociedade e manter a excelência do seu ensino. Além disso, a Faculdade incentiva a interação com a comunidade, buscando estreitar seus laços com a indústria e o sistema educacional nacional.

O conceito de apoio da Escola de Pós-Graduação aos alunos de doutorado segue o modelo da estrutura bem estabelecida desenvolvida no programa de doutorado 'Culturas de Manuscritos', que começou com o SFB 950 'Culturas de Manuscritos na Ásia, África e Europa' em 2011.

O programa de doutoramento em ciências naturais abrange disciplinas como a biologia marinha e terrestre, a ecologia, a biotecnologia, a genética, a fisiologia, a imunologia, a ciência alimentar e a biologia e gestão de recursos, bem como a tecnologia da pesca e da aquicultura. Para se tornar um candidato a doutoramento, tem de se candidatar a um lugar de bolseiro de investigação anunciado e obter emprego, ou trabalhar numa instituição externa que financiará o estudo de doutoramento.

O objetivo do programa de doutoramento é preparar investigadores e docentes, bem como profissionais para investigação aplicada, economia ou administração pública, cujos conhecimentos, aptidões e competências cumprem os requisitos que existem internacionalmente, tendo em conta as necessidades do mercado de trabalho letão.

Ph.D. Programa em Ciência dos Materiais - Um programa colaborativo e interdisciplinar com a Universidade de Montana-Missoula e Montana State University-Bozeman. Especialidades de investigação incluem biomateriais; eletrônica, fotônica e (EPM) materiais magnéticos; materiais para armazenamento de energia, conversão e conservação; e síntese de materiais, processamento e fabricação.

O Doutoramento em Ciências da Engenharia do ITESO promove a formação de engenheiros que desenvolvam projetos de investigação com a indústria, para aumentar a capacidade científico-tecnológica da região, favorecer o desenvolvimento económico, as oportunidades de emprego, o bem-estar social e a sustentabilidade.