A pós-graduação em Química Bioorgânica serve para a formação de especialistas em química com ênfase na estrutura e funções de pequenas moléculas orgânicas nos organismos vivos e na possibilidade de influenciar os processos biológicos nesses organismos por meio da ação dessas moléculas. O programa é assim direcionado para o estudo de todos os aspectos dos compostos orgânicos, que são indispensáveis para a estrutura e funcionamento dos organismos vivos. O amplo espectro desses compostos inclui moléculas com uma função de construção (metabólitos primários), função de sinalização, função de ativação ou desativação em relação a proteínas estratégicas dentro dos organismos vivos, e também compostos, que são produzidos por esses organismos (produtos naturais, metabólitos secundários , metabólitos de xenobióticos). O estudo baseia-se na estrutura e síntese de compostos orgânicos com foco em produtos naturais, heterociclos e outros compostos orgânicos, que são capazes de modular processos biológicos.
A elucidação da função de tais compostos como partes de estruturas biológicas, bem como a sua influência nos processos biológicos e a possibilidade de modificar essa influência por meio de mudanças estruturais, não são menos importantes. A Química Bioorgânica, portanto, serve como um elo entre a Química Orgânica e as disciplinas biomédicas e se sobrepõe parcialmente à Química Farmacêutica e Medicinal. A Química Bioorgânica é, no entanto, mais geral do que os dois últimos programas, que se concentram principalmente no estudo e desenvolvimento de drogas, ou seja. um subgrupo mais limitado de compostos biologicamente ativos.